Tập chuyển hóa là tập hợp hoàn chỉnh của các chất chuyển hóa tiểu phân tử (như các chất trung gian chuyển hóa, các hormone và các phân tử tín hiệu khác, và các chất chuyển hóa thứ phát) được tìm thấy trong một mẫu vật sinh học, ví dụ như một cơ quan riêng biệt.